生物安全柜内的所有物品，包括设备，都应在工作完成之后进行表面去污处理并从柜内取出，因为残留的培养介质可能会提供微生物的生长条件。安全柜的内表面应在每次使用前与使用后进行去污处理。要用消毒剂擦拭工作台表面及内壁面，使用的消毒剂应能杀死柜内可能存在的所有微生物。一天工作结束时，应进行最后表面去污处理，即对工作台、各个侧面、背面及玻璃的里面进行全面擦拭。可以使用漂白粉液或70％酒精，这种对目标生物有效的消毒剂。如使用漂白粉液这种有腐蚀性的消毒剂，则要用灭菌水进行二次擦拭。建议工作柜在清洁、消毒时处在工作状态。如果其未处在工作状态，则应运行5分钟，以便在安全柜关闭前将其中的气体清除掉。